Tiếng Alekano có 5 nguyên âm, tất cả đều không làm tròn, một điều khá hiếm gặp. Ngôn ngữ này có 12 phụ âm, nhưng /w/ chỉ có trong thổ ngữ làng Wanima, trong từ mượn hay một từ vựng phái sinh.[5]

Nguyên âm

Âm tắc thanh hầu

Trong tiếng Alekano, âm tiết có thể kết bằng âm tắc thanh hầu, như trong /ɑʔnesiʔ/ "đủ". Nó hiện không được coi là âm vị. Khi viết, nó được thể hiện bằng dấu sắc: ánesí.[4]

Phụ âm

Âm cạnh lưỡi là [l] ở đầu từ, [ɽ] ở giữa nguyên âm.

Âm tiết

Âm tiết phức tạp nhất có dạng /CVVʔ/: VV có thể là nguyên âm đôi: /iɯ/ hay giữa /ɑ/, /e/, /ɤ/ với /i/ hay /ɯ/ (ví dụ, /ɑi/).

Thanh điệu

Tiếng Alekano có thanh cao và thanh thấp, song chúng có vai trò không mấy quan trọng.